「輪姫少女」の感想掲示板で出ていた転移水晶が増えるバグをようやく確認。
現在は起こらないよう修正されており下手に向こうに書くと混乱してしまいそうなので
こっちにメモみたいな感じで。

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転移水晶バグ（初期verのみ）
・ボス戦で一度以上リトライをしている
・第5話のカーティス戦でリトライをする
の条件を満たすと第6話開始後に転移水晶がアイテム欄に入っている。
2つ目は10ターン以内に全滅しなくてはならないのである意味高難度。

というわけで原因はリトライ時のスイッチミスでした。
指摘して下さった方、ありがとうございました。